Nafarroako Administrazioa Auzitegiaren jatorria 1925eko azaroaren 4ko Errege Lege Dekretuan dago, zeinaren bidez 1924ko Udal Estatutua Nafarroan aplikatzeko oinarrak onetsi baitziren. Honako hau ezarri zuen 11. oinarriak:

"Diputazioak administrazio-auzitegi bat antolatuko du, eta eginkizunak eskuordetuko dizkio korporazio honen eskumeneko errekurtsoak ebazteko".

Errekurtso horien oinarria lege, erregelamendu edo administrazio-xedapenen urraketa zen, eta edozein auzotarrek jartzen ahal zituen, udal-ebazpenak pertsonalki eragiten ez bazion ere.

Ia berrogei urte geroago, 1964ko apirilaren 17an zehazki, Nafarroako Foru Diputazioak erabaki bat hartu zuen, Nafarroako Administrazio Auzitegia sortzeko egokitasuna plazaratzeko. Honela zioen: "Erakunde eskuordetu hori, epaitegietan behar den ohiko independentzia izanik, laguntzarako tresna baliotsua, segurtasun juridikorako berme argia eta deskontzentrazio funtzionalerako tresna eraginkorra izanen da".

Foruen estatuaren atala

1964ko ekainaren 24an, Foru Kontseilu Administratiboak erabaki zuen, "Nafarroako Foru Diputazioak xede horretarako egindako proposamena onartzea, eta, azaroaren 4ko Errege Lege Dekretuaren 11. oinarriko 5. paragrafoan ezarritakoarekin bat etorriz, korporazio horri agintzea Nafarroako Administrazio Auzitegia antola dezala eta eginkizunak eskuordetu diezaizkiola…".

Halaber, 1964ko abenduaren 29an, Nafarroako Foru Diputazioak Administrazio Auzitegiaren erregelamendu organikoa onetsi zuen, zeinaren bidez auzitegi horren antolaketa, funtzionamendua, jarduera eta langileak arautzen baitziren. Egun horretan bertan, Foru Kontseilu Administratiboak onetsi zuen Nafarroako Udal Administraziorako Erregelamendua aldatzea, Administrazio Auzitegiaren jurisdikzio-ahalaren izaera, hedadura eta mugak arautzeko, eta, aldi berean, gora jotzeko errekurtsoaren prozedura tramitatzeko arauak eman zituen.

Konstituziora egokitzea

Nafarroako Administrazio Auzitegiak Konstituzioaren ondoko lege-aitorpena jaso zuen Nafarroako Toki Administrazioari buruzko uztailaren 2ko 6/1990 Foru Legean  (lehenago ere Nafarroako toki entitateen jarduketen legezkotasunean eta haien interes orokorrean Nafarroako Gobernuak duen kontrola arautzen duen apirilaren 17ko 2/1986 Foru Legean, zeina oraindik indarrean dagoen 6/1990 Foru Legearen bidez indargabetu baitzen).

Nafarroako Toki Administrazioaren Erreformarako otsasilaren 4ko 4/2019 Foru Legeak Nafarroako Toki Administrazioari buruzko uztailaren 2ko 6/1990 Foru Legearen alderdi batzuk aldatu ditu: aurkara daitekeen administrazio-jarduera, gora jotzeko errekurtsoa jartzeko epeak eta ebazpenen betearazpena, besteak beste.

Sortu zenetik gaur egunera arte, Nafarroako Administrazio Auzitegiak etenik gabe bete izan du eginkizuna, Nafarroaren eta Espainiaren oraintsuko historiako une erabakigarriak gaindituz, herritarrei zerbitzua emateko zereginari leial; izan ere, herritarrek konfiantza osoa dute haren irizpide eta independentzian toki-administrazioareriko eztabaida juridikoak ebazteko, eta horrela, ebazpenez ebazpen (bere garaian, epaiez epai), sustrai sakoneko erakunde bihurtu da Nafarroan.